转染效率受到多种因素影响，主要有以下几种：
1. 转染试剂
不同细胞系转染效率通常不同，因此在转染实验前需要根据细胞特性选择合适的转染试剂。可以通过已发表文献和转染试剂提供的已成功转染的细胞株来进行选择。
2. 细胞状态和密度
转染前细胞的状态和密度都非常影响转染效率和后期的实验结果。
（1）一般建议在转染前至少24小时进行传代培养，以确保细胞在传代后处于转染的最佳生理条件。最适合转染的细胞是复苏经过几次传代后达到对数生长期的细胞，细胞生长旺盛，最容易转染。为确保转染的重复性，一般选择低细胞代次（<30，能确保基因型不变）。
（2）用于转染的最佳细胞密度根据不同的细胞类型或应用而异。一般转染时，贴壁细胞密度为70%-90%，悬浮细胞密度为2×106-4×106细胞/ml时效果较好。确保转染时细胞没有长满或处于静止期。因为转染效率对细胞密度很敏感，所以在不同实验间保持一个基本的传代步骤很重要。
如果发现同一株细胞转染效率降低，可以尝试重新复苏细胞以恢复最佳结果。此外，污染会严重影响转染结果。
3. 使用优质DNA
DNA的质量影响转染效率：
■ 脂质体转染基于电荷吸引原理，如果DNA的纯度差，则其携带的少量的盐离子、蛋白、代谢物污染都会显著影响转染复合物的有效形成及转染的效率。
■ 含有内毒素的质粒对细胞有很大的毒性作用。
为实现高效率、低毒性的转染，应使用高质量的DNA（高纯度、无菌、无内毒素）。
■ 使用无内毒素的试剂盒和实验方案制备DNA；
■ 通过测量OD值来确定DNA纯度和浓度，OD 260/280 值应介于1.7-1.9之间，越接近1.8越好。读数小于1.8，表明样品可能被芳香族产物（即苯酚）或蛋白质污染；读数大于2.0，则表明样品被RNA污染。
■ 当转染的DNA会编码对细胞有毒害作用的产物时，可使用弱启动子或可诱导的启动子限制毒性基因产物表达对细胞造成的损害。
4. 选择合适浓度DNA
不同细胞系转染效率通常不同，需要进行预实验，选择合适浓度的DNA，以获得较高的转染效率。转染时各种培养皿添加质粒和脂质体参考量见下表：
5. 培养基
不同的细胞或细胞类型都有非常特定的培养基、血清、补充剂要求，选择最适合细胞类型的培养基和转染方法在转染实验中起着非常重要的作用。一些细胞系和原代细胞可能需要特殊的包被材料（如多聚赖氨酸、胶原蛋白、纤连蛋白等）以附着于培养板并获得最佳的转染结果。
可参考已发表文献或细胞来源处获得获得针对特定细胞类型的合适培养基和转染方法，如果没有相关信息，则需要根据经验或筛选实验确定。
6. 血清
血清一度曾被认为会降低转染效率，目前对于主流的转染试剂来说，血清的存在已经不会影响转染效率，甚至还有助于提高转染效率。脂质体转染过程中不是必须需使用无血清培养基，因为血清会影响复合物的形成（蛋白质可能会干扰复合体的形）。一旦复合体形成，即可将其加入到含血清培养基的细胞中。
7. 抗生素
抗生素，比如青霉素和链霉素，是影响转染的培养基添加物。这些抗生素一般对于真核细胞无毒，但阳离子脂质体试剂增加了细胞的通透性，使抗生素可以进入细胞。这降低了细胞的活性，导致转染效率低。所以，在转染培养基中不能使用抗生素，甚至在准备转染前进行细胞铺板时也要避免使用抗生素。
一般用于瞬时转染的培养基中可含抗生素。不过，由于阳离子脂质体试剂可增加细胞通透性，因此也可能增加递送到细胞内的抗生素量，从而导致细胞毒性以及较低的转染效率。因此不建议在转染培养基中加入抗生素。可在转染前铺板细胞时，使用无抗生素的培养基。
对于稳定转染，不应在选择性培养基中使用青霉素和链霉素，因为这些抗生素是 Gibco Geneticin 选择性抗生素的竞争性抑制剂。在构建稳定的细胞系时，在转染程序后预留 48-72 小时供细胞表达抗性基因，之后再加入选择性抗生素。
8. 转染分子类型
质粒 DNA 是最常用的转染载体。质粒 DNA 的拓扑结构（线性或超螺旋）和大小会影响转染的效率，超螺旋质粒 DNA 瞬时转染的效率最高。在稳定转染中，相对于超螺旋 DNA，虽然使用线性 DNA 会导致细胞的 DNA 摄取量较低，但 DNA 整合到宿主基因组中的效果更优。虽然寡核苷酸、RNA、siRNA 和蛋白质等其他大分子也可以转染到细胞中，但在使用这些大分子时，需要优化转染条件。
9. 转染时，小心轻柔的将脂质体加到培养基中并轻轻混匀，避免粗暴用力吹打，会导致脂质体失效。
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