很多生信小白看不懂代码,不懂R和python。随着科技的发展,目前已经开发出多种在线工具解决日常生物信息分析需求,无需代码。基本上只需要输入相应的蛋白或者基因便可实现生物信息学分析,可用于英文文章发表。下面分享8种常用的生物信息学分析在线工具:
1.The Human Protein Atlas (HPA) 是一个开放获取的数据库,致力于绘制人类所有蛋白质在细胞、组织和器官中的分布图谱。它整合了多种组学技术的数据,包括基于抗体的成像、质谱蛋白质组学和转录组学等。输入基因或者蛋白名称就可以知道HIC染色、亚细胞定位、mRNA表达和蛋白表达等情况。数据库网址:https://www.proteinatlas.org/。
2.UALCAN(University of ALabama at Birmingham CANcer data analysis Portal)是一个专注于癌症多组学数据分析。该数据库可用于基因表达分析、启动子甲基化分析、生存分析、蛋白质表达分析等。数据库网址:https://ualcan.path.uab.edu/analysis-prot.html。
3.LinkedOmics 是一个专注于癌症多组学数据关联分析和挖掘的公共数据库平台,数据来源于TCGA和CPTAC 数据库。利用该数据库能帮你理解目标关联基因或蛋白参与了哪些生物学通路(KEGG)和Gene Ontology (GO) 功能,从而将关联列表转化为生物学意义,能进行差异分析(热图和火山图呈现),也能寻找正相关和负相关的基因等,还是比较实用的一个数据库。数据库网址:https://linkedomics.org/login.php。从画圈的入口进去,输入基因便可获得相关的分析。
4.TIMER3 是一个专注于肿瘤免疫微环境(TIME) 分析的综合在线平台。它是由四川大学华西口腔医学院团队开发的新一代工具,旨在帮助研究人员从海量数据中量化并解析肿瘤组织中的免疫细胞构成。主要用该数据库进行免疫细胞浸润分析、单基因在泛癌中的差异表达以及基因与基因之间的相关性分析。数据库网址:https://compbio.cn/timer3/。
5.GEPIA2(Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2)是一个由北京大学张泽民教授团队开发的、免费的、无需编程的在线数据库。数据库的数据来源于TCGA和GTEx数据库,可利用该在线工具进行基因的差异表达、临床相关性分析、预后不良分析、相关性分析、相似基因检测等。数据库网址:http://gepia2.cancer-pku.cn/#index。
6.GSCA(Gene Set Cancer Analysis)是一个专注于基因集水平的癌症多组学数据分析平台。它由华中科技大学郭安源教授团队开发,其前身是广受欢迎的GSCALite平台。GSCA在升级后,整合了基因组、药物基因组和免疫基因组三大维度的数据。利用该数据库可进行药物敏感性分析、基因组变异分析、免疫浸润分析和基因表达与临床关联分析。数据库网址:https://guolab.wchscu.cn/GSCA/#/drug。
7.cBioPortal for Cancer Genomics 是一个开放获取、开源的大型癌症基因组数据交互式探索与分析平台。该平台由纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSKCC) 主导开发,并得到了丹娜-法伯癌症研究所、玛格丽特公主癌症中心、费城儿童医院等全球多家顶尖机构的共同维护。利用该平台可以探索基因组非同义突变、DNA拷贝数变异(如扩增或深度缺失);转录组:mRNA 和 microRNA 表达数据;蛋白质组:基于RPPA或质谱的蛋白及磷酸化蛋白表达数据;表观遗传:DNA甲基化数据;临床数据:去标识化的患者临床信息,如生存期、分期、吸烟史等。数据库网址:https://www.cbioportal.org/。
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