什么是蛋白质组学呢？
定义；蛋白质组学是对生物体在特定的时间和特定的环境下表达的全部蛋白质进行大规模的系统的研究的科学。
特点：
蛋白质是基因功能的最终体现
与转录组相比，蛋白质水平更接近表型
涉及数量庞大（>20,000 种）且具有 翻译后修饰、多样性和动态性
一句话概况就是
蛋白质组学让我们从设计图走到了施工现场
蛋白质组学研究的核心问题
蛋白质的种类：在某些组织或者细胞中有哪些蛋白质？
表达水平：这些蛋白质的丰度如何变化？
相互作用：蛋白质之间如何形成网络？
翻译后修饰：磷酸化、乙酰化等如何调控功能？
蛋白质组学的经典分析流程
样本制备
提取总蛋白，去除杂质
常用方法：SDS-PAGE、超滤、酶切
蛋白质分离与鉴定
质谱技术（MS） 是核心：
LC-MS/MS（液相色谱-串联质谱）
MALDI-TOF-MS
蛋白质 → 多肽 → 电离 → 质量分析
蛋白质定量
标记法：iTRAQ、TMT、SILAC
无标记法（Label-free）：基于峰面积或谱图计数
数据分析
蛋白质鉴定：比对数据库（UniProt、NCBI）
差异表达分析
富集分析（GO、KEGG）
功能与网络解析
PPI 网络（Protein-Protein Interaction）
信号通路
翻译后修饰图谱
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