首先，最常用的细胞凋亡检测方法是 Annexin V/PI 双染法。
Annexin V 是一种依赖钙离子的蛋白质，能特异性地绑定到细胞膜上的磷脂酰丝氨酸 (PS)。在健康细胞中，PS 位于细胞膜内侧；而在凋亡早期，PS 会移到外侧。因此，用荧光标记 (如 FITC) 的 Annexin V 可以检测到这个变化，表明细胞开始凋亡。
PI (碘化丙啶) 是一种红色荧光染料，它不能进入活细胞或早期凋亡细胞，但可以进入已经死亡或晚期凋亡细胞，因为这些细胞的膜已经破损。
所以，通过 Annexin V 和 PI 的结合使用，我们可以区分早期凋亡、晚期凋亡和坏死的细胞。这种方法可以通过流式细胞仪或荧光显微镜轻松完成检测。
其次，我们还可以检测线粒体跨膜电位 (∆ΨM)，在具有较高 ∆ΨM 的健康细胞中，JC-1 染料可进入细胞并在线粒体中积累，形成 J-aggregates 发出橙红色荧光。在凋亡细胞中，∆ΨM 较低，JC-1 染料进入线粒体较少，以单体形式存在发出绿色荧光。
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