染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是一种用于研究蛋白质-DNA相互作用的技术。它能够鉴定特定蛋白质（如转录因子或修饰组蛋白）结合的DNA区域，帮助揭示基因调控机制。
以下是ChIP的技术流程及其优点：
ChIP技术路线
1.细胞固定
• 交联蛋白-DNA复合物：用1%甲醛处理活细胞或组织，通常在室温下10分钟，形成共价交联以稳定蛋白-DNA相互作用。
• 终止交联：加入甘氨酸（通常125 mM），中和甲醛，终止交联反应。
2.细胞裂解
• 细胞收集和裂解：将细胞收集后，在冷裂解缓冲液中处理，破碎细胞膜和核膜以释放染色质。
• 染色质片段化：通过超声破碎或微球处理，将染色质剪切成200-1000 bp大小的片段。
3.免疫共沉淀
• 抗体孵育：将染色质溶液与特异性抗体（针对目标蛋白）孵育，通常在4°C下孵育过夜。抗体将结合染色质片段中的目标蛋白。
• 加蛋白A/G磁珠：加入结合抗体的蛋白A或G磁珠，孵育1-2小时，使抗体结合的染色质复合物沉淀。
• 洗涤：用低盐和高盐洗涤缓冲液洗涤磁珠，去除非特异性结合的蛋白质和DNA片段。
4.交联逆转和DNA纯化
• 交联逆转：在65°C下孵育4-6小时以逆转蛋白-DNA的交联，释放DNA。
• 蛋白酶处理：加入蛋白酶K降解蛋白质，通常在37°C孵育1小时。
• DNA纯化：使用酚/氯仿抽提或DNA纯化试剂盒提取并纯化DNA片段。
5.DNA检测
• PCR或qPCR：使用特异性引物对免疫共沉淀的DNA片段进行PCR扩增，以检测目标DNA区域是否与目标蛋白结合。
• 测序（ChIP-seq）：将ChIP DNA片段构建测序文库，并通过高通量测序技术对DNA进行全基因组范围的分析。
6.数据分析
• 结果比较：将ChIP样本与输入DNA（未免疫沉淀的总染色质DNA）进行比较，确定富集区域。
• 生物信息学分析：使用特定软件识别结合位点、分析蛋白-DNA结合模式和潜在调控元件。
ChIP技术优点
1.检测原位蛋白-DNA相互作用：ChIP能够在天然生理状态下研究蛋白质和DNA的相互作用，保留细胞内的真实调控关系。
2.基因调控机制研究：通过ChIP可以分析转录因子、组蛋白修饰、酶等与特定DNA序列的结合，揭示基因调控的分子机制。
3.高灵敏度和特异性：ChIP利用特异性抗体检测特定蛋白质与DNA的结合，能够精确定位结合位点。
4.适用范围广：ChIP可以用于多种细胞类型、组织和动物模型，适用于体内和体外实验。
5.结合测序技术（ChIP-seq）：通过与高通量测序结合，ChIP-seq能够在全基因组范围内鉴定蛋白质-DNA相互作用位点，为基因组调控研究提供大数据支持。
6.动态变化研究：ChIP能够用于研究不同条件下（如药物处理、基因敲除）的蛋白-DNA相互作用变化，揭示动态调控网络。
地址：江苏省常州市中国科学院遗传研究中心 | 咨询热线：15189799066 | 销售咨询邮箱：sales@cellecx.com
技术支持邮箱：support@cellecx.com | 售后服务邮箱：service@cellecx.com
Copyright © 2024 江苏知源解码生物科技有限公司 All Rights Reserved. | 技术支持：互邦网络
地址：江苏省常州市中国科学院遗传研究中心
咨询热线：15189799066
销售咨询邮箱：sales@cellecx.com
技术支持邮箱：support@cellecx.com
售后服务邮箱：service@cellecx.com
Copyright © 2024 江苏知源解码生物科技有限公司 All Rights Reserved.
技术支持：互邦网络